中药与方剂关系非常密切，很多药物的功效本身就是与方剂的功效主治联系在一起。一方面，作为方剂，在选药组方时是充分考虑了药物性能功效等方面特点的；另一方面，中药功效在提炼及总结上又很大程度上受方剂功能与主治的影响。如麻黄的发汗解表、宣肺平喘、利尿等功效与《伤寒论》之麻黄汤、麻黄杏仁甘草石膏汤、《金匮要略》之越婢汤、越婢加术汤等相关联与对应。但是也应当看到复方与单味药存在着“方药离合”的情况。清徐灵胎《医学源流论》谓“方之与药，似合而实离也……方之既成，能使药各全其性，亦能使药各失其性”，丹波元坚《药治通义方药离合》称“数味相合，自有一种功用”。再者，药物配伍组方的目的多端，除了相同功效以增强全方作用外，有的药物在于减少不良反应，有的药物在于兼顾次症，有的药物还可反佐等等，其功效当然与方中主药并不一致。“方药离合”的情况为中药功效的准确认定带来了诸多困难。而严格区分在“方药离合”情况下方剂与药物各自的功效，是功效认定必须面临的问题。对此，前人做了大量工作，但仍然不尽完善。如前文所述，将方中某药功效混同于复方功效者历来有之。若欲消除这种含混现象，则要从以下两方面入手：其一，在方药文献中认真分析、比较；其二，加强单味药与复方在“化学—药理—临床”整个过程中的系统研究。
