张元素在制方上大胆创新，不拘泥于古方，而且还每参以五运六气之说。他说：“运气不齐，古今异规，古方新病，不相能也。”并以“自为家法，不用古方”闻名于后世。在制方大法和创制新方方面，做出了巨大的贡献。
一.六气内淫制方大法
张氏在药物气味与病机协调的前提下，根据《素问·至真要大论》六气之邪内淫而病来拟订制方原则。
风制法：肝、木、酸，春生之道也，失常则病矣。风淫于内，治以辛凉，佐以苦甘，以甘缓之，以辛散之。暑制法：心、火、苦，夏长之道也，失常则病矣。热淫于内，治以咸寒，佐以甘苦，以酸收之，以苦发之。湿制法：脾，土，甘，中央化成之道也，失常则病矣。湿淫于内，治以苦热，佐以咸淡，以苦燥之，以淡泄之。燥制法：肺，金，辛，秋收之道也，失常则病矣。燥淫于内，治以苦温，佐以甘辛，以辛润之，以苦下之。寒制法：肾，水，咸，冬藏之道也，失常则病矣。寒淫于内，治以甘热，佐以苦辛，以辛散之，以苦坚之。
他分析说：“酸、苦、甘、辛、咸，即肝木、心火、脾土、肺金、肾水之体也。四时之变，五行化生，各顺其道，违则病生。圣人设法以制其变，谓如风淫于内，即是肝木失常也，火随而炽，治以辛凉，是谓辛金克其木，凉水沃其火也。其治法例皆如此。”
以当归拈痛汤为例，来说明上述制方原则的实用性和指导意义。
当归拈痛汤，治湿热为病，肢节烦痛，肩背沉重，胸膈不利，遍身疼，下注于胫，肿痛不可忍。《本草经》云：湿淫于内，治以苦温。羌活苦辛，透关利节而胜湿；防风甘辛，温散经络中留湿，故以为君。水性润下，升麻、葛根苦辛平，味之薄者，阴中之阳，引而上行，以苦发之也。白术苦甘温，和中除湿；苍术体轻浮，气力雄壮，能去皮肤、腠理之湿，故以为臣。血壅而不流则痛，当归身辛温以散之，使气血各有所归。人参、甘草甘温，补脾养正气，使苦药不能伤胃。仲景云：湿热相合，肢节烦痛。苦参、黄芩、知母、茵陈者，乃苦以泄之也。凡酒制药，以为因用。治湿不利小便，非其治也。猪苓甘温平，泽泻咸平，淡以渗之，又能导其留饮，故以为佐。气味相合，上下分消，其湿气得以宣通矣。
以上制方大法，是根据《内经·至真要大论》“在泉治法”而制订的。
二.师古法创新方
张氏不泥于古方，却在古方大法的原则下，另辟新径，创制新方。如九味羌活汤，是张氏针对仲景桂枝、麻黄二汤的主证所制定的四时发散通剂，以使人不犯三阳禁忌，本方不但独捷于解利，治疗杂病亦有很高效果。又如加减白通汤，是根据仲景白通、理中二方化裁而来。白通善通少阴之阳，理中善补太阴之虚。临证时少阴寒厥与太阴吐利，往往同时并见，而难以截然分开。张氏窥透此点，便复合二方为如减白通汤，以治太少二阴之虚寒；犹恐力不胜任，又取半夏苦辛温胃以燥内湿，生姜辛温走表以祛外湿，更用官桂、草豆蔻气之厚者佐姜附以回脾肾之阳。立方本意，确实发挥了《内经》“寒淫于内，拾以甘热”，“温淫于内，治以苦热”以及“补下治下治以急，急则气味厚的原则。从此看出张氏化裁古方的匠心妙法。
笔者认为：张氏并不排斥古方，对于确有效验的古方，都会取而用之，除仲景方以外，历代名家之方，亦多采用。如钱乙的五脏补泻各方，如地黄丸、安神丸、泻青丸、导赤散、益黄散、泻白散等方，张氏多采用。刘完素的防风通圣散、天水散、三一承气汤，也为张氏所喜用。
张氏根据《内经》的制方原则，参考历代名方，结合自己的临床经验，发展了制方的理论，创制了许多新方，对后世有很大的影响。其弟子李东垣、王好古，以及东垣弟子罗天益，他们在制方遗药上造诣颇深，并各有建树，这和张氏“家法”是分不开的。