在中国传统的医学体系中，祝由十三科是很有特色的。
它是中国医家运用中国传统文化理念对生命与疾病现象进行研究后形成的一种独特的治疗方法，其中的每一个科目都有着特殊的作用，但又各有侧重。
祝由科，在古代称为“十三科”或“十三经”，是由古代医家对疾病现象进行研究后，得出疾病发生、发展与变化规律的一种特殊疗法。
其中最早提出祝由科概念并用于治疗疾病的就是东汉《伤寒杂病论》中的“八法”之一：《杂病赋》和《伤寒明病论》。
一、祝由
在中国传统医学体系中，祝由有多种含义：
一指祭祀用的香烛、香灰、花料；
二是由祭神而产生的一种仪式，比如在祭祀活动中通过叩头、唱歌和跳舞等方式来表达对神的崇敬；
三是通过某种祭祀而产生的一种特殊药物，比如祭祀时所用的香；
四是由祭天所产生的一种特殊药物，即指祝由用中药制成药丸、药酒和药饼等。
其中祝由又分为祝由术和祝由方。
祝由术是在中国传统文化理念中，将阴阳五行生克制化理论运用于医学治疗当中，并通过将人体分为“阴”“阳"两大部分对疾病进行分类治疗（或预防），使阴阳五行生克制化形成的药物通过对患者身体各部分不同部位和脏腑、经络、气血等部位中的阴阳属性进行调整和制约（或中和），以达到治病或预防保健功效。
祝由方是通过药物直接对患者进行各种治疗，从而达到调节人体脏腑功能、恢复机体平衡状态、达到治疗目的。
二、杂病
“杂病”的主要作用是将人体内出现的各种杂病，以祝由科的方式进行治疗。
《杂病赋》所描述的疾病，大多是指：“伤寒”所出现的疾病类型，如头项强痛、腰背痛身热、胁痛，四肢痛、骨节酸痛等。
《杂病赋》中“寒邪”所导致的病症有：“热郁于心者，心痛难忍；热郁于肝者，肝风抽搐不宁；热郁脾者，脾胃气逆而不思食……”。
这种疾病多是指：“寒邪”所导致的疾病类型为寒邪外束肌肤、经络、肌肉、骨节而出现疼痛、红肿甚至抽搐等症状。
这种疾病多由寒邪所致或外感邪气侵犯人体后所导致的一种疾病现象。
《杂病赋》中“寒热”所致的疾病，大多是指风寒感冒和风热感冒两种常见疾病。
《杂病赋》中还提到了“五毒”和“五疳”等现象：
《杂病赋》中提到“五毒”：指热病日久而成寒积于肌肤者；寒邪伤于脏腑经络者；寒痰凝滞中焦以致气血不得行者；湿热蕴毒而成积于经络者。
《杂病赋》中认为这些症状皆为寒邪内束肌肤所致，当将其作为治疗方法进行治疗。
三、六气
六气，是指人的七情六欲和四季中不同性质、变化而形成的不同气味。
其主要作用是调节人体的生理活动，使之恢复正常状态。
1、怒：用祝由科来调节情志，使之平稳平和，可以降低精神异常状态所导致的各种疾病发生和加重；
2、喜：通过祝由科的药物，可兴奋人体脏腑和经络功能活动，以利于病邪外出；
3、思：用祝由科调节情志，使其安定而避免各种异常行为和生理活动；
4、悲：用祝由科来调节精神情绪和生理活动；
5、恐：通过祝由科调节呼吸中枢功能活动，使其稳定并减少异常行为与生理活动的发生。
6、恐：通过祝由科调节人体内脏功能正常。
四、祝由与五行学说
五行学说是中国传统文化中的重要组成部分，也是人类认识自然、与自然界进行物质交换的基本方式，在整个人类的发展过程中发挥着巨大的作用。
《黄帝内经》中记载了人体和自然界之间相互联系和相互影响的关系：
人体是一个有机系统，各部分相互依赖，互为因果。
人体和自然界都是物质运动变化发展的主体，两者构成一个不断更新发展、周而复始的过程。
同时又是一个互为因果、相互影响作用的关系着。
这也决定了五行学说与祝由在理论上是统一的。
祝由十三科作为医学理论体系中一部分，不仅在理论上对疾病诊治具有指导作用，在实际应用中也有着独特的疗效和作用：
祝由主要运用于针灸、中药等治疗疾病中。
五、祝由科对症治疗
祝由科除了可以治疗人的疾病外，还能对一些特殊的病症进行治疗。
如对风邪引起的头痛，用麻黄、防风、荆芥等药制成散剂外喷于头上，或外擦，或内服；
对风邪引起的恶寒发热，可用桂枝、干姜和甘草制成散剂外擦；
有表证，用辛夷等药煎汤熏洗、或用苍术等药煎汤内服；
有内伤实证的病人出现头痛，用黄连、吴茱萸或细辛（花椒）研末制成散剂外敷于头部；
有热证病人出现头胀、发热等症，可用黄连、栀子和石膏等组成散剂外敷于头部；
对一些特殊的病症，也可以采用祝由科治疗的方法以求得治疗。
六、祝由科的特殊治疗方法
1.热病论：是对疾病的热本质及其发病机理进行分析研究，为治疗提供依据的一种方法。
2.汗闭：指人体中出现了闭阻不通，导致津液无法正常运行而引起的疾病。
3.寒闭：是指因邪气侵袭机体而引起的疾病，其发病机制为外邪侵入人体后，与脏腑之气相结合而致人体出现阳气亏虚、阴寒内盛或气血不和等病理变化。
4.虚闭：是指机体中阳气不足而引起的疾病，表现为虚寒内盛。
5.实闭：是指邪气过盛而导致人体正气不足所引起的身体病证。
6.寒闭：是指人体正气被邪气所伤或邪气盛时，机体出现阳气亏虚、阴寒内盛的病理变化。热病论将“实”和“寒”分为实、热两种性质。
7.厥阴病：是指寒邪侵袭经脉，造成血脉阻滞不畅所致疾病。
8.厥阴风木：指由于肝失疏泄或者肝气郁结所引起的疾病。